De nombreuses questions concernant Spider-Man No Way Home restent sans réponse après le visionnage du film. Parmi ces questions, les fans n'ont pas pu s'empêcher de relever une incohérence dans l'intrigue. En effet, dans le film, il est dit que les ennemis qui connaissent l'identité de Spider-Man des différents univers arrivent et sont attirés par l'univers de Tom Holland. Seulement, dans The Amazing Spider-Man 2, Electro ne sait pas que Spider-Man est en réalité Peter Parker, alors comment a-t-il pu se retrouver dans Spider-Man No Way Home ? Nous avons quelques théories qui pourraient expliquer sa présence dans le film.
Deux méchants échappent à ce critère : Electro et Venom de Tom Hardy. Venom a une explication simple, donnée dans Let There Be Carnage : Tous les symbiotes sont reliés entre eux, Venom sait donc qui est Spider-Man. Le méchant de Jamie Foxx a d'ailleurs une conversation avec Andrew Garfield : "Je peux te dire quelque chose ? Tu viens du Queens. Tu as ce costume, tu aides beaucoup de pauvres gens. Je pensais juste que tu étais noir". Electro ne précise toutefois pas davantage ses propos, de sorte que l'on pourrait supposer qu'il découvre l'identité de Spider-Man, comme l'imaginent de nombreux fans, ou qu'il savait déjà qui il était. Cette phrase ne serait donc qu'un teaser pour Miles Morales et en soi anecdotique pour Max et Peter, que c'était la seule chance qu'il avait de lui dire cela. Une autre théorie (cette fois-ci très tirée par les cheveux) concerne le combat final entre Electro et Andrew Garfield : lorsque Electro électrocute Spider-Man, son sang-froid atomique lui permet probablement de découvrir qui se cache sous le masque. Peu probable cependant et légèrement tiré par les cheveux.
Une incongruité qui pourrait bien être une épine dans le pied de beaucoup. Même si nous ne connaissons pas encore la réponse, les fans échafaudent leurs meilleures théories sur les réseaux sociaux. De plus, de nombreux passages ont dû être coupés car le film dure 2,5 heures et certaines séquences ont malheureusement été omises. Nous espérons toutefois les retrouver lors de la sortie des DVD, ce qui nous permettra de mieux comprendre l'histoire de No Way Home.